Ciencias
Ciencia de los materiales complementarios
Vistas estructurales sobre el complejo ensamblaje de profilaxis en promotores nucleares
Xizi Chen, Yilun Qi, Zihan Wu, Xinxin Wang, Jiabei Li, Dan Zhao, Haifeng Hou, Yan Li, Zishuo Yu, Weida Liu, Mo Wang, Yulei Ren, Ze Li, Huirong Yang, Yanhui Xu
Materiales / métodos, texto complementario, tablas, figuras y / o referencias
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- Texto complementario
- Figuras S1 a S37
- Subtítulos para las tablas S1 a S6
- Subtítulos para películas S1 – S31
- Referencias
- Lista de verificación de reproducibilidad de MDAR
- Cuadro S1
- Estadísticas de recopilación, refinamiento y validación de datos de Cryo-EM.
- Cuadro S2
- Datos de espectrometría de masas de reticulación CPICSCP.
- Cuadro S3
- Datos de espectrometría de masas de reticulación CPICPUMA.
- Cuadro S4
- Datos de espectrometría de masas de reticulación MPICSCP.
- Cuadro S5
- Reticulación de datos de espectrometría de masas hPICSCP.
- Cuadro S6
- Conjunto de datos de espectrometría de masas de reticulación p53-hPICHDM2.
Fotos, videos y otros medios
- Película S1
- Mapa Cryo-EM y modelo TFIID sin promotor en conformación canónica (TFIIDcanónico) con una resolución de 9,0 Å.
- Película S2
- Mapa Cryo-EM y modelo TFIID sin promotor en conformación reordenada (TFIIDreorganizado) con una resolución de 9,8 Å.
- Película S3
- Mapa Cryo-EM y conformación de descarga de TBP original del modelo TFIID unido al promotor (TFIIDITL) Con SCP con una resolución de 6,8 Å.
- Película S4
- Mapa de Cryo-EM y modelo de TFIID unido al promotor en la conformación de carga posterior a TBP (TFIIDROTURA) Con SCP con una resolución de 8,6 Å.
- Película S5
- Mapa Cryo-EM y modelo de módulo IID-A aislado con resolución de 3,2 Å.
- Película S6
- Mapa Cryo-EM y modelo de módulo IID-B aislado con resolución de 2,8 Å.
- Película S7
- El mapa Cryo-EM y el modelo del módulo IID-C se han purificado localmente a una resolución de 3,0 Å.
- Película S8
- Configuración separada de módulos IID-A e IID-B.
- Película S9
- Mapa Cryo-EM y modelo TFIID enlazado PUMA promotor en la conformación de carga TBP original (CPPUMA-TFIIDITL) Al 7,9 Å más cercano.
- Película S10
- Mapas Cryo-EM y modelo de modelo p53-cPICHDM2. Modelo estructural general de P53-cPICHDM2 se mostró en un mapa de combinación crio-EM. Se combinaron mapas purificados localmente de Pol II y TFIID. Los contactos intermodulares se muestran en el mapa.
- Película S11
- Mapas Cryo-EM y modelo cPICPUMA. Modelo de estructura general CPICPUMA se mostró en un mapa de combinación crio-EM. Se combinaron mapas purificados localmente de Pol II y TFIID.
- Película S12
- Mapa Cryo-EM y modelo de módulo TBP de mPICPUMA purificado localmente a una resolución de 3,8 Å.
- Película S13
- Mapa Cryo-EM y modelo de módulo TBP de hPICSCP purificado localmente a una resolución de 3,4 Å.
- Película T14
- Un modelo de separación modular emparejada en el promotor durante la transición de TFIIDROTURA para cPIC en promotores TATA-DBE (por ejemplo, SCP), lo que sugiere un ensamblaje de cPIC en el carril I.
- Película S15
- Un modelo para colocar la separación modular en el promotor durante la transición de TFIIDROTURA cPIC solo en promotores TATA (ejemplo JUNIO), que se refiere a la configuración cPIC en la línea IIa.
- Película S16
- Un modelo para colocar la separación modular en el promotor durante la transición de TFIIDROTURA cPIC en promotores sin TATA (ejemplo PUMA), que se refiere a la configuración cPIC en la vía IIb.
- Película S17
- Mapas Cryo-EM y modelo mPICPUMA complejo. Modelo MPICPUMA se mostró en un mapa de combinación crio-EM. Se combinaron mapas de refinamientos dirigidos del promotor Pol II-TFIIF-TFIIE, TFIID y TBP-TFIIA-TFIIB.
- Película T18
- Modelo de configuración CPIC PICPUMA para mPICPUMA aparece en dos vistas diferentes. Pueden ocurrir movimientos similares con otros promotores TATA-less y TATA solamente.
- Película T19
- Mapas Cryo-EM y modelo mPICSCP. Modelo MPICSCP se mostró en un mapa de combinación crio-EM. Se combinaron mapas de las mejoras avanzadas del módulo principal de PIC, TFIID y TFIIE. Los contactos intermodulares de TFIIE-Pol II, TFIIE-TFIID y promotor TFIID-Pol II se mostraron en el mapa general a un nivel de umbral más bajo.
- Película S20
- Modelo de cambios conformacionales inducidos por TFIIE durante el ensamblaje de PIC a partir de cPICSCP para mPICSCP aparece en dos vistas diferentes. Pueden ocurrir movimientos similares con otros promotores TATA-DBE.
- Película S21
- Mapa Cryo-EM y modelo hPIC. Modelo estructural general de P53-hPICHDM2 aparece en el mapa combinado crio-EM. Se combinaron mapas purificados localmente de Pol II-TFIIF, promotor TBP-TFIIB-TFIIA, núcleo TFIIH, TFIIE, TFIIH-CAK y TFIID. Los contactos intermodulares del CAK-Pol II se muestran en el mapa CAK.
- Película S22
- Mapas Cryo-EM y modelo hPICPUMA complejo, como en la película S21.
- Película S23
- Modelo de cambios conformacionales inducidos por TFIIH durante el ensamblaje de PIC a partir de mPICSCP a pre-hPICSCPy hPICSCP. Pueden ocurrir movimientos similares con otros promotores TATA-DBE.
- Película S24
- Modelo completo de ensamblaje PIC en promotor TATA-DBE (carril I) sobre Pol II. Los modelos estructurales se derivan de estructuras CPSCP-TFIIDROTURA, mPICSCP y hPICSCP.
- Película S25
- Un modelo completo del ensamblaje PIC en el promotor TATA-DBE (Capítulo I). La película se preparó como en la película S24 e imita el ensamblaje PIC con cromatina con Pol II y GTF moviéndose alrededor del promotor.
- Película S26
- Modelo de proceso de configuración de PIC de mPICPUMA al hPICPUMA aparece en dos vistas diferentes.
- Película S27
- Modelo completo de ensamblaje PIC solo en el promotor TATA (carril IIa) encima de Pol II.
- Película S28
- Modelo completo de ensamblaje PIC en promotor TATA únicamente (Capítulo IIa). Esta película imita el ensamblaje PIC de cromatina con el que Pol II y GTF se mueven alrededor del promotor.
- Película S29
- Modelo completo de ensamblaje PIC sin promotor TATA (carril IIb) encima de Pol II. Película S30:
- Película S30
- Un modelo completo de un ensamblaje PIC sin un promotor TATA (Capítulo IIb). Esta película imita el ensamblaje PIC de cromatina con el que Pol II y GTF se mueven alrededor del promotor.
- Película S31
- Modelo completo para ensamblaje PIC basado en TFIID con diferentes tipos de promotores nucleares.
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