Ciencias

Ciencia de los materiales complementarios

Vistas estructurales sobre el complejo ensamblaje de profilaxis en promotores nucleares

Xizi Chen, Yilun Qi, Zihan Wu, Xinxin Wang, Jiabei Li, Dan Zhao, Haifeng Hou, Yan Li, Zishuo Yu, Weida Liu, Mo Wang, Yulei Ren, Ze Li, Huirong Yang, Yanhui Xu

Materiales / métodos, texto complementario, tablas, figuras y / o referencias

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  • Texto complementario
  • Figuras S1 a S37
  • Subtítulos para las tablas S1 a S6
  • Subtítulos para películas S1 – S31
  • Referencias
Lista de verificación de reproducibilidad de MDAR
Cuadro S1
Estadísticas de recopilación, refinamiento y validación de datos de Cryo-EM.
Cuadro S2
Datos de espectrometría de masas de reticulación CPICSCP.
Cuadro S3
Datos de espectrometría de masas de reticulación CPICPUMA.
Cuadro S4
Datos de espectrometría de masas de reticulación MPICSCP.
Cuadro S5
Reticulación de datos de espectrometría de masas hPICSCP.
Cuadro S6
Conjunto de datos de espectrometría de masas de reticulación p53-hPICHDM2.

Fotos, videos y otros medios

Película S1
Mapa Cryo-EM y modelo TFIID sin promotor en conformación canónica (TFIIDcanónico) con una resolución de 9,0 Å.
Película S2
Mapa Cryo-EM y modelo TFIID sin promotor en conformación reordenada (TFIIDreorganizado) con una resolución de 9,8 Å.
Película S3
Mapa Cryo-EM y conformación de descarga de TBP original del modelo TFIID unido al promotor (TFIIDITL) Con SCP con una resolución de 6,8 Å.
Película S4
Mapa de Cryo-EM y modelo de TFIID unido al promotor en la conformación de carga posterior a TBP (TFIIDROTURA) Con SCP con una resolución de 8,6 Å.
Película S5
Mapa Cryo-EM y modelo de módulo IID-A aislado con resolución de 3,2 Å.
Película S6
Mapa Cryo-EM y modelo de módulo IID-B aislado con resolución de 2,8 Å.
Película S7
El mapa Cryo-EM y el modelo del módulo IID-C se han purificado localmente a una resolución de 3,0 Å.
Película S8
Configuración separada de módulos IID-A e IID-B.
Película S9
Mapa Cryo-EM y modelo TFIID enlazado PUMA promotor en la conformación de carga TBP original (CPPUMA-TFIIDITL) Al 7,9 Å más cercano.
Película S10
Mapas Cryo-EM y modelo de modelo p53-cPICHDM2. Modelo estructural general de P53-cPICHDM2 se mostró en un mapa de combinación crio-EM. Se combinaron mapas purificados localmente de Pol II y TFIID. Los contactos intermodulares se muestran en el mapa.
Película S11
Mapas Cryo-EM y modelo cPICPUMA. Modelo de estructura general CPICPUMA se mostró en un mapa de combinación crio-EM. Se combinaron mapas purificados localmente de Pol II y TFIID.
Película S12
Mapa Cryo-EM y modelo de módulo TBP de mPICPUMA purificado localmente a una resolución de 3,8 Å.
Película S13
Mapa Cryo-EM y modelo de módulo TBP de hPICSCP purificado localmente a una resolución de 3,4 Å.
Película T14
Un modelo de separación modular emparejada en el promotor durante la transición de TFIIDROTURA para cPIC en promotores TATA-DBE (por ejemplo, SCP), lo que sugiere un ensamblaje de cPIC en el carril I.
Película S15
Un modelo para colocar la separación modular en el promotor durante la transición de TFIIDROTURA cPIC solo en promotores TATA (ejemplo JUNIO), que se refiere a la configuración cPIC en la línea IIa.
Película S16
Un modelo para colocar la separación modular en el promotor durante la transición de TFIIDROTURA cPIC en promotores sin TATA (ejemplo PUMA), que se refiere a la configuración cPIC en la vía IIb.
Película S17
Mapas Cryo-EM y modelo mPICPUMA complejo. Modelo MPICPUMA se mostró en un mapa de combinación crio-EM. Se combinaron mapas de refinamientos dirigidos del promotor Pol II-TFIIF-TFIIE, TFIID y TBP-TFIIA-TFIIB.
Película T18
Modelo de configuración CPIC PICPUMA para mPICPUMA aparece en dos vistas diferentes. Pueden ocurrir movimientos similares con otros promotores TATA-less y TATA solamente.
Película T19
Mapas Cryo-EM y modelo mPICSCP. Modelo MPICSCP se mostró en un mapa de combinación crio-EM. Se combinaron mapas de las mejoras avanzadas del módulo principal de PIC, TFIID y TFIIE. Los contactos intermodulares de TFIIE-Pol II, TFIIE-TFIID y promotor TFIID-Pol II se mostraron en el mapa general a un nivel de umbral más bajo.
Película S20
Modelo de cambios conformacionales inducidos por TFIIE durante el ensamblaje de PIC a partir de cPICSCP para mPICSCP aparece en dos vistas diferentes. Pueden ocurrir movimientos similares con otros promotores TATA-DBE.
Película S21
Mapa Cryo-EM y modelo hPIC. Modelo estructural general de P53-hPICHDM2 aparece en el mapa combinado crio-EM. Se combinaron mapas purificados localmente de Pol II-TFIIF, promotor TBP-TFIIB-TFIIA, núcleo TFIIH, TFIIE, TFIIH-CAK y TFIID. Los contactos intermodulares del CAK-Pol II se muestran en el mapa CAK.
Película S22
Mapas Cryo-EM y modelo hPICPUMA complejo, como en la película S21.
Película S23
Modelo de cambios conformacionales inducidos por TFIIH durante el ensamblaje de PIC a partir de mPICSCP a pre-hPICSCPy hPICSCP. Pueden ocurrir movimientos similares con otros promotores TATA-DBE.
Película S24
Modelo completo de ensamblaje PIC en promotor TATA-DBE (carril I) sobre Pol II. Los modelos estructurales se derivan de estructuras CPSCP-TFIIDROTURA, mPICSCP y hPICSCP.
Película S25
Un modelo completo del ensamblaje PIC en el promotor TATA-DBE (Capítulo I). La película se preparó como en la película S24 e imita el ensamblaje PIC con cromatina con Pol II y GTF moviéndose alrededor del promotor.
Película S26
Modelo de proceso de configuración de PIC de mPICPUMA al hPICPUMA aparece en dos vistas diferentes.
Película S27
Modelo completo de ensamblaje PIC solo en el promotor TATA (carril IIa) encima de Pol II.
Película S28
Modelo completo de ensamblaje PIC en promotor TATA únicamente (Capítulo IIa). Esta película imita el ensamblaje PIC de cromatina con el que Pol II y GTF se mueven alrededor del promotor.
Película S29
Modelo completo de ensamblaje PIC sin promotor TATA (carril IIb) encima de Pol II. Película S30:
Película S30
Un modelo completo de un ensamblaje PIC sin un promotor TATA (Capítulo IIb). Esta película imita el ensamblaje PIC de cromatina con el que Pol II y GTF se mueven alrededor del promotor.
Película S31
Modelo completo para ensamblaje PIC basado en TFIID con diferentes tipos de promotores nucleares.

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Antonio Calzadilla

Experto en redes sociales. Amante de la televisión galardonado. Futuro ídolo adolescente. Evangelista de la música. Gurú del café

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